飞越十三号房除了正常演出的故事线以外，主要分为四类互动玩法。第一类是选择互动，玩家在学校生存的过程中，面对各种看似不起眼的事件一举一动，都会左右各类人物对你的好感。好感的高低会直接左右接下来人物对你的态度和种种行为，影响故事的未来发展走向。而第二类是搜证互动，在进入部分场景时，可以通过点击部分大场景中的环境道具，与其进行互动，收集证据。
一些道具可以为玩家补全游戏中的世界观信息，一些道具可以作为了解npc的重要线索，而另外一些道具则可以制作组合成工具加以使用。第三类是即时互动，当操控角色在部分紧张的潜入或者逃脱环节中，屏幕会时不时出现各种需要考验玩家反应的即时互动小游戏，一般情况下需要快速反应来搞定这些小游戏。
第四类则是解谜互动，在普通场景下可以通过监控或者组合在搜证环节找到的各类信息，来拼凑一些线索，从而得到某些答案。游戏分为包含序章在内的六大章内容，主线故事虽然只有一条，但是大小分支非常多，可以随时在游戏中查看本章的故事线，从而收集到所有结局，彻底了解其它人物的过往经历。
也可以随时查看右上角的笔记信息，更全面和详细的了解搜集来的证据，得到更多情报。同样能在游戏中，随时在屏幕右下方调整游戏的播放速度，来让整体游戏节奏变得更快，也可以直接选择跳过某一小段的演出或者认为困难的互动环节，直接转场进入下一个小片段。
在游戏外可以在资料库中随时查看自己已经解锁的各个人物情报，更加充分的了解每一个角色的心理活动或者背景故事。也可以查阅各种成就和隐藏结局，完成全成就，拿到勋章或者收集各种结局。
除此以外还可以看到各类人物的人气排行榜，选择购买玫瑰的方式提升自己喜欢的人物的人气总榜，通过购买臭鸡蛋的方式来拉低自己不喜欢的角色人气，不过这些玫瑰花和鸡蛋都是需要额外花钱进行购买的。
游戏的画面整体表现出色，各类场景和人物外观的整体设计都没有任何问题，游戏内容展现形式采用的是视频形式，而不是类似于文字冒险游戏中的ppt加配音的形式。虽然这样会更下功夫，但也更容易增进玩家对游戏的代入感，也会更加提高游戏体验。
